В миру Иван Дмитриевич Касаткин, родился 1 августа 1836 года в Березовском погосте Вельского уезда Смоленской губернии, где отец его, Димитрий Иванович, служил диаконом. Когда младенцу было пять лет, у него умерла мать, Ксения Алексеевна, Многодетная семья диакона была очень бедной. И все же Ваня был отдан учиться в Вельское духовное училище, а затем – в Смоленскую Духовную Семинарию. В 1857 году Иван Дмитриевич Касаткин в числе лучших воспитанников был направлен в Санкт-Петербургскую Духовную Академию, где во время обучения проявил недюжинные способности. Когда Иоанн оканчивал Академию, в нем обнаружилось призвание Божие – проповедовать православную веру в Японии, откуда русский консул прислал просьбу в Святейший Синод (переданную в Академию), чтобы прислали такого пастыря, «который мог быть полезным не только своей духовной деятельностью, но и учеными трудами, и своей частной жизнью в состоянии был бы дать хорошее понятие о нашем духовенстве не только японцам, но и иностранцам». Тогда он написал прошение на имя ректора, епископа Нектария, о постриге в монашество и назначении его в русское консульство в Японию. 24 июня 1860 года в академическом храме Двенадцати Апостолов епископ Нектарий совершил постриг Иоанна Касаткина с наречением ему имени Николай.

В день первоверховных апостолов инок Николай был посвящен во иеродиакона, а 30 июня – в престольный праздник академического храма – в сан иеромонаха.

Знаменательным было напутствие епископа в новую жизнь молодого инока: «Не в монастыре ты должен совершить течение подвижнической жизни. Тебе должно оставить самую Родину, идти на служение Господу в страну далекую и неверную. С крестом подвижника ты должен взять посох странника, вместе с подвигом монашества тебе предлежат труды апостольские!»

В июле 1860 года иеромонах Николай выехал на место своего служения в г. Хакодате, взяв с собой Смоленскую икону Божией Матери.

На пути в Японию он встретил знаменитого Святителя Церкви Русской – Апостола Америки и Сибири, архиепископа Камчатского, Курильского и Алеутского (впоследствии митрополита Московского) – Иннокентия Вениаминова. В г. Николаевске-на-Амуре он восприял от старческого опыта благодатного миссионера все необходимое, чтобы продолжить его апостольские подвиги «даже до края земли».

Сначала проповедь Евангелия в Японии казалась совершенно немыслимой. По словам самого отца Николая, «тогдашние японцы смотрели на иностранцев, как на зверей, а на христианство, как на злодейскую церковь, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи». Восемь лет ушло на то, чтобы изучить страну: народ, язык, нравы и обычаи тех, среди кого предстояло проповедовать. Иеромонах Николай, посещая народные собрания, слушал приезжих рассказчиков и буддийских проповедников. К 1868 году отец Николай уже бегло говорил по-японски. Историю Японии он знал лучше многих японцев. В то же время отец Николай изучил и английский язык, который становился международным. К тому времени паства отца Николая насчитывала около двадцати мужчин и женщин. В конце 1869 года иеромонах Николай приехал в Петербург и сделал в Синоде доклад о результатах своей работы.

Было принято решение: «Образовать для проповеди между японскими язычниками Слова Божия особую Российскую Духовную Миссию». Отец Николай был возведен в сан архимандрита и назначен начальником этой Миссии. По возвращении в Японию будущий Святитель передал Хакодатскую паству своему новому сподвижнику иеромонаху Анатолию, а сам перенес миссионерский центр в Токио. В 1871 году в стране началось гонение на христиан, и многие из них были подвергнуты преследованиям (в том числе знаменитый впоследствии миссионер-священник Павел Савабе, первый православный японец). Только к 1873 году гонения несколько уменьшились, и появилась возможность свободной проповеди христианства. В том же году архимандрит Николай приступил к строительству в Токио церкви и школы на пятьдесят человек, а затем – духовного училища, которое в 1878 году было преобразовано в Семинарию.

В 1874 году в Токио прибыл Преосвященнейший Павел, епископ Камчатский, чтобы рукоположить в священный сан рекомендуемых архимандритом Николаем кандидатов из местного населения. К тому времени при Миссии в Токио действовали четыре училища: катихизаторское, семинарское, женское и причетническое, а в Хакодате два училища – для мальчиков и девочек. Во второй половине 1877 года Миссией стал регулярно издаваться журнал «Церковный Вестник». К 1878 году в Японии насчитывалось 4115 христиан. Богослужение в общинах и преподавание проводилось на родном языке. Стали издаваться духовнонравственные книги.

В 1880 году Святейший Синод принял решение о расширении штата Миссии, а ее начальнику – архимандриту Николаю – быть епископом.

30 марта 1880 года в Троицком соборе Александро-Невской Лавры состоялась хиротония архимандрита Николая во епископа Токийского. Позже Святитель писал: «Во время совершения таинства хиротонии чувства, кажется, без воли человека, одолевают его, глаза делаются влажными, душа смущается. Все существо под влиянием десниц иерархов чувствует претворение. Встаешь совершенно иным, чем опускаешься на колени перед Престолом».

С тех пор святитель Николай с еще большим усердием стал продолжать свои апостольские труды. Он завершил строительство собора Воскресения Христова в Токио, а также принялся за новый перевод Богослужебных книг, составил на японском языке Православный Богословский словарь. Большое внимание он оказывал многочисленным православным общинам.

Но в период русско-японской войны 1905 года на долю святителя Николая и его паствы выпали тяжелые испытания. И на удивление самим японцам, он с честью перенес их. Он нашел возможным помочь русским военнопленным в их тяжелых условиях. За эти подвижнические труды его возвели в сан архиепископа.

В 1911 году, когда исполнилось полвека миссионерской работы святителя Николая, было уже 266 общин Японской Православной Церкви, в состав которых входило 33 017 православных мирян, 1 архиепископ, 1 епископ, 35 иереев, 6 диаконов, 14 учителей пения, 116 проповедников-катихизаторов.

Сам Святитель всей своей жизнью являл пример истинного духовного руководителя, всецело преданного своему служению. Это был человек неистощимой энергии, единой целенаправленности и пламенного трудолюбия. Он говорил: «На покой миссионеру, когда у него есть хоть капля силы служить своему делу, – это для меня представляется несообразным, так что я и в мечтах никогда не пытался примеривать покойный халат. Хочется умереть на той борозде, где Промысл Божий судил и пахать, и сеять». В этих словах – вся его человеческая натура. В личной жизни Святитель был подвижнически прост. Он не налагал на себя особых подвигов, но отдавал Господу всю свою душу. На его пути были преграды и самовластия, и самооценки, и усталость, и старческая немощь. Но святитель своей жизнью явил всему миру глубокий опыт преодоления их, воплощая в жизни заповеди Иисуса Христа.

3 февраля 1912 года, на 76 году жизни, просветитель Японии архиепископ Николай мирно отошел ко Господу. Русская Православная Церковь во главе с Патриархом Московским и всея Руси Алексием 10 апреля 1970 года приняла решение о прославлении святителя Николая в лике святых, с именованием – равноапостольный. В Японии святитель Николай до сего времени почитается как великий праведник и особый молитвенный предстатель пред Господом.

Первая служба святителю Николаю составлена митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (†5 сентября 1978); вторая – епископом Левкийским Парфением (София, 1972).